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L'utilité des eaux usées pour suivre l'évolution de la pandémie

Tandis que le nombre de cas de COVID-19 diminue au Canada, des experts poursuivent leur analyse des eaux usées. Le but? Détecter de nouvelles flambées et la présence de variants avant même que les gens ne soient dépistés.

Une main ganté qui tient une fiole d'eau.

L’analyse des eaux usées se veut un complément aux tests cliniques et au traçage.

Photo : getty images/istockphoto / kozorog

Mélanie Meloche-Holubowski

Les eaux usées de plusieurs villes canadiennes offrent de bonnes nouvelles depuis quelques semaines : le coronavirus est bel et bien en déclin.

Toutefois, les experts disent qu’il faut garder l'œil ouvert, notamment en raison de la propagation du variant Delta, originaire de l’Inde, et de l’apparition de nouvelles mutations problématiques.

Nous sommes encore dans une pandémie et nous devons surveiller les variants, avertit le Dr Robert Delatolla, professeur agrégé au Département de génie civil de l'Université d'Ottawa, qui analyse les eaux usées de la ville d'Ottawa depuis le début de la pandémie.

Il est convaincu que leur analyse est une bonne façon de suivre la situation épidémiologique, surtout si le nombre de tests effectués diminue au cours de l’été et que la population a moins accès à des cliniques de dépistage à l’automne.

Économiquement, nous ne pouvons pas continuer à faire cette quantité massive de tests dans chaque ville, fait-il valoir. Avec les eaux usées, nous pouvons prélever un échantillon et nous pourrions voir le portrait pour un million de personnes.

Pourquoi utiliser cette méthode?

Une femme travaille dans un laboratoire

L'Université d'Ottawa fournit des résultats d'analyse le jour même à la Ville d'Ottawa, qui publie ces données sur son site web quotidiennement.

Photo :  CBC News / Pierre-Paul Couture

En mars 2020, seuls les chercheurs d'Ottawa et de Montréal analysaient les eaux usées. Aujourd’hui, selon la Coalition des eaux usées, il y a plus de 200 emplacements à travers le pays.

C'est qu'il y a plusieurs avantages à ajouter l’analyse des eaux usées à l’arsenal des indicateurs utilisés par la santé publique, explique la Dre Sarah Dorner, professeure au Département des génies civil, géologique et des mines de Polytechnique Montréal. Comme le Dr Delatolla, elle surveille de près la quantité du virus dans les eaux usées.

Les personnes infectées par la COVID-19, même si elles ne présentent pas de symptômes, excrètent le virus dans leurs selles. En analysant les eaux usées, les chercheurs peuvent ainsi trouver des traces du SRAS-CoV-2 (et de ses variants).

Cette méthode fournit ainsi un aperçu objectif de la santé d’une communauté; après tout, tout le monde doit aller aux toilettes, dit le Dr Delatolla. Ainsi, lorsqu'une population n’a pas accès aux tests ou choisit de ne pas se faire dépister, il est tout de même possible d’observer si la quantité du virus fluctue.

La Dre Dorner explique que cet indicateur permet aux autorités en santé publique de détecter où seront les prochains points chauds et de se préparer en conséquence, en y ajoutant des ressources ou des cliniques de dépistage ou de vaccination.

Ça donne une réponse indépendante. [...] Les analyses des eaux usées ne dépendent pas des décisions des individus de se faire tester ou pas.
Dre Sarah Dorner, Polytechnique Montréal

Elle ajoute que ces données permettent aussi aux autorités de constater rapidement si des mesures appliquées (p. ex., le confinement) par la santé publique fonctionnent.

Ces deux experts expliquent que la surveillance des eaux usées permet de déceler une tendance à la baisse ou à la hausse jusqu’à une semaine avant que ces infections ne soient confirmées par le dépistage.

Par exemple, raconte le Dr Delattola, en décembre, le nombre de cas augmentait partout en Ontario, sauf à Ottawa. Et pourtant, les niveaux de SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de la capitale nationale étaient très élevés. Deux jours [après nos analyses], les cas ont commencé à exploser, dit-il.

Même chose du côté de Montréal; dès mars 2020, la quantité de SRAS-CoV-2 dans les eaux usées était très élevée, raconte la Dre Dorner. Les concentrations étaient intenses, fulgurantes. On l’a vu dans les eaux usées et on ne pouvait pas assez tester [la population] à ce moment. Il y avait certainement la transmission communautaire, et les eaux usées donnaient un signal indépendant.

La Dre Dorner a par ailleurs observé une augmentation de la concentration du virus dans les eaux usées après le déconfinement au Québec cet hiver. Les cas ont suivi quelques jours plus tard.

Il est aussi possible d'analyser les eaux usées d'un établissement, comme un hôpital, une résidence pour aînés ou une école. Ainsi, à Québec, une équipe a pu récemment découvrir une éclosion de coronavirus dans un établissement où les eaux usées étaient analysées. Les autorités de santé publique ont procédé à une campagne de dépistage pour identifier les cas et ont accéléré la vaccination à cet endroit. C’est un bon coup pour le programme, dit la Dre Dorner.

Quelques bouteilles contenant des eaux usées.

Un échantillon d'eaux usées analysé au Centre environnemental Robert-O.-Pickard (CEROP).

Photo :  CBC News / Pierre-Paul Couture

Si les analyses de l’équipe de la Dr Dorner ont été fort utiles au cours des derniers mois, l'étude de Montréal se termine à la fin du mois de juin.

Elle croit toutefois qu’il y a intérêt à continuer cette surveillance des eaux usées au cours des prochains mois, au cas où le nombre de cas augmenterait de nouveau.

Pour sa part, l'étude du Dr Delatolla à Ottawa se poursuit pour une année supplémentaire. En ce moment, son équipe surveille de près la présence du variant Delta qui se répand dans plusieurs pays à travers le monde, dont au Royaume-Uni.

D’ailleurs, le Royaume-Uni a récemment multiplié les analyses des eaux usées dans plusieurs villes. Le nombre de cas dans ce pays a triplé depuis les trois dernières semaines. Le variant Delta s'y propage à un rythme fulgurant, même si plus de 60 % de la population a reçu au moins une dose de vaccin.

À Ottawa, les analyses des eaux usées indiquent aussi une légère augmentation de la quantité de SRAS-CoV-2.

Le Dr Delatolla fait valoir que, grâce à l'étude des eaux usées, il est plus facile d'agir de façon ciblée suivant les régions, ce qui permet, par exemple, d'éviter de devoir tout fermer à l'échelle d'une province.

Une méthode de plus en plus utilisée

Il n'y a pas que le Canada qui utilise les eaux usées pour traquer la pandémie.

L'Université de la Californie a répertorié plus de 2200 emplacements d'échantillonnage dans 55 pays sur une carte qu’elle appelle, avec un brin d’humour, le Poops Dashboard (nouvelle fenêtre) (le tableau de bord de merde).

Les instigateurs de cette compilation rapportent (nouvelle fenêtre) qu’au moins six pays (Finlande, Hongrie, Luxembourg, Pays-Bas, Espagne et Turquie) ont nationalisé l’analyse des eaux usées pour le SRAS-CoV-2. Aux États-Unis et au Canada, des réseaux de partage de données ont été instaurés.

Autres usages de l’analyse épidémiologique des eaux usées

Avant la pandémie de COVID-19, Sarah Dorner collaborait entre autres avec la Ville de Montréal à l'analyse de l’eau des plages de la Ville de Montréal. Elle espère que les liens développés avec diverses municipalités et villes au cours de la pandémie aideront à mettre en place d'autres programmes de surveillance des eaux usées.

Il y a d’autres virus d’intérêt qu’on pourrait surveiller, comme l’influenza, souligne-t-elle. La surveillance des eaux usées pourrait aider la santé publique à se préparer, à prendre des décisions concernant les vaccins, les ressources.

Le Dr Delatolla ajoute que ce type d’analyse est utile pour détecter la présence d’autres virus comme le virus du Nil, à percevoir la résistance aux antibiotiques et la prévalence d'opioïdes utilisés dans une collectivité.

Il s’agit d’un bon moyen de surveiller la santé d’une communauté, dit le Dr Delatolla.

Dans les années 90, plusieurs pays, dont le Brésil et Israël, analysaient leurs eaux usées dans le but d’éliminer la polio. Lorsque le virus de la polio était détecté dans un endroit, les autorités pouvaient organiser une campagne de vaccination pour rejoindre ceux qui n'étaient pas immunisés.

Cette méthode a également été utilisée par certains établissements et pays lors des épidémies du SRAS en 2003 et du Zika, et pour repérer des flambées d’hépatite ou de rougeole.

En 2018, Statistique Canada avait estimé (nouvelle fenêtre) la consommation de drogues et de cannabis en analysant des échantillons d’eaux usées provenant de 14 usines de traitement dans cinq villes.

Mélanie Meloche-Holubowski

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