Le Bureau d'audiences publiques sur l'environnement (BAPE) a rendu plusieurs décisions sur le tramway de Québec, sur l'affaire GNL Québec au Saguenay et sur le Réseau express métropolitain (REM) à Montréal, qui ont irrité bon nombre d'acteurs politiques et sociaux. « Je pense que le BAPE demeure un outil essentiel dans la démocratie directe, parce qu'il permet aux citoyens de participer aux décisions gouvernementales », dit le journaliste spécialisé en environnement Louis-Gilles Francoeur, qui a également été vice-président du BAPE, de 2012 à 2017.
« Le BAPE, on lui demande d’être, en quelque sorte, une aide à la décision gouvernementale. […] Il doit regarder le dossier sous les angles écologique, social et économique. »
Le journaliste reproche à certains ministres et à des intervenants des milieux concernés de tirer des conclusions « qui sont normalement le résultat d’une enquête indépendante, alors que le travail n’est pas commencé ».