Avant la colonisation, le loup de l'Est habitait les forêts de feuillus de l'est des États-Unis et du sud-est du Canada. Mais en raison des politiques d'extermination du siècle dernier, il reste maintenant moins de 1000 individus au centre de l'Ontario et dans le sud du Québec. En 2015, le loup de l'Est a été désigné « espèce menacée » par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada, le COSEPAC. Mais comme l'explique Alexandre Touchette, la protection de cette espèce est encore loin d'être assurée.
Après que le loup de l’Est eut été déclaré espèce menacée par le COSEPAC, l’Ontario a interdit la chasse et le piégeage du loup et du coyote dans une quarantaine de comtés autour du parc Algonquin, près de l’Outaouais, et du parc Killarney, sur les rives du lac Ontario. L’interdiction touche aussi le coyote parce que les collets utilisés par les trappeurs ne font pas de discrimination entre les espèces de canidés. Environ 15 000 km carrés de l’habitat du loup de l’Est sont ainsi protégés, et cette aire pourrait passer à près de 40 000 km carrés si la Stratégie ontarienne de rétablissement du loup de l’Est est adoptée.
En comparaison, seul le loup gris est reconnu officiellement par le gouvernement québécois, et le loup de l’Est n’a donc pas de protection légale. Tous les loups peuvent être chassés dans la province cinq mois par année avec un simple permis pour le petit gibier. Il n’y a aucune limite au nombre de bêtes qu’un chasseur peut abattre ou avoir en sa possession, et la déclaration des prises n'est pas obligatoire. Le loup de l’Est peut aussi se retrouver parmi les quelque 500 loups tués par des trappeurs chaque année au Québec.
La chasse au loup est interdite dans les parcs nationaux, mais les seuls situés dans l’aire de répartition du loup de l’Est sont le parc national du Mont-Tremblant et le parc national de la Mauricie, qui font respectivement 1500 et 530 km carrés. Ces parcs sont beaucoup trop petits pour protéger les loups, qui se déplacent sur de grandes distances pour chasser et pour fonder de nouvelles meutes. De nombreux biologistes estiment que la pression de la chasse au Québec est trop élevée pour assurer la protection du loup de l’Est. Aussi, ils espèrent que le gouvernement fédéral reconnaîtra bientôt son statut d'espèce menacée dans la Loi sur les espèces en péril afin d’en interdire la chasse et le piégeage à l’échelle nationale.