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Avec un virus toujours en évolution, la COVID-19 n’a pas dit son dernier mot

En Europe, une nouvelle vague de COVID-19 débute et la même tendance se dessine au Canada. S’il est difficile de dire avec précision ce qui nous attend au cours des prochains mois, une chose est sûre : la pandémie n’est pas terminée et la présence de multiples variants d'Omicron pourrait nous réserver des surprises.

Le variant Omicron, fruit d'une mutation du virus de la COVID-19.

Des nombreuses sous-lignées du variant Omicron circulent. Laquelle deviendra dominante cet automne?

Photo : getty images/istockphoto / Jezperklauzen

Depuis trois semaines, au Royaume-Uni, le nombre de cas et d’hospitalisations monte rapidement. Depuis une semaine, celles-ci ont augmenté de 33 %. Plus de 3100 hospitalisations la semaine dernière : il s’agit de la deuxième semaine en comportant le plus en 2022.

En France, les hospitalisations ont augmenté de plus de 40 % depuis une semaine et le taux de positivité frôle les 25 %, ce qui indique une transmission communautaire très élevée.

Au Canada, les analyses des eaux usées dans plusieurs villes montrent une augmentation de la concentration du SRAS-CoV-2.

Au Québec, les hospitalisations et le nombre de travailleurs de la santé absents en raison de la COVID-19 augmentent. En Ontario, le nombre d'hospitalisations grimpe et a déjà presque atteint le sommet de cette année.

Le cofondateur de l’étude britannique Zoe COVID (Nouvelle fenêtre), Tim Spector, a déclaré à The Guardian (Nouvelle fenêtre) que l’automne risque d’être très ardu. Nous risquons d'avoir un mois d’octobre difficile, qui sera probablement pire que la dernière vague.

La Dre Catherine Hankins, professeure en santé publique et en santé des populations à l'Université McGill et coprésidente du Groupe de travail sur l’immunité face à la COVID-19, abonde dans le même sens. Outre la levée de la majorité des mesures sanitaires, plusieurs éléments sont présents pour provoquer une nouvelle vague.

De multiples variants viennent brouiller les cartes

Selon Ryan Gregory, professeur de biologie de l'évolution au Département de biologie intégrative de l'Université de Guelph, la situation est différente cet automne à cause de la multiplication des variants en circulation. Nous n’avons jamais fait face à autant de variants en même temps.

Lors des premières vagues, un seul variant dominait. Les premiers variants – comme Alpha et Delta – ne circulent presque plus, puisque de nouveaux variants plus compétitifs ont pris leur place.

Puis, Omicron est apparu. La lignée originale d’Omicron, le BA.1, a d'abord frappé en janvier 2022. Cette souche représente désormais moins de 1 % des cas au Canada.

Depuis, Omicron mute à un rythme élevé, produisant une panoplie de sous-variants. Par exemple, BA.2 a frappé au printemps, suivi de BA.4 et BA.5 cet été. En ce moment, environ 2 % des cas au pays sont causés par BA.2, 10 % par BA.4 et près de 90 % par BA.5.

« On observe que certaines lignées d’Omicron mutent très rapidement. Oui, le virus de la grippe mute lui aussi chaque année, mais pas au rythme du SRAS-CoV-2. »

— Une citation de  Ryan Gregory, Université de Guelph
Une image montrant l'arbre phylogénique du SRAS-CoV-2.
Agrandir l’image (Nouvelle fenêtre)

Dans ce graphique montrant l'épidémiologie génomique du SRAS-CoV-2, on voit que le variant Omicron (en jaune et en orange) n'a pas évolué à partir de variants précédents comme Delta (en bleu) ou Alpha (en mauve). Les différents sous-variants d'Omicron possèdent un nombre élevé de mutations dans la protéine de spicule.

Photo : nextstrain.org

En fait, selon Trevor Bedford, virologue au Fred Hutchinson Cancer Center, le rythme d’évolution du SRAS-CoV-2 (Nouvelle fenêtre) depuis un an équivaut à cinq années d'évolution du H3N2, l’un des virus de la grippe qui mute le plus fréquemment.

En ce moment, il y a près d’une dizaine de variants qui sont en compétition pour remplacer les BA.4 et BA.5, dont BA.2.75, BA.2.75.2, BA.2.3.20, BA.4.6, BQ.1, BQ.1.1 et XBB. Ce sont tous des variants d’Omicron, précise M. Gregory.

En ce moment, les sous-variants BA.4.6, BA.2.75 et BQ.1 sont présents au Canada.

Une soupe de variants aptes à échapper à l’immunité

Ce qui préoccupe M. Gregory est non seulement la quantité de sous-variants hautement transmissibles, mais aussi le fait qu’ils deviennent de plus en plus aptes à échapper à l’immunité acquise par une infection ou par un vaccin.

« Le virus est de moins en moins intéressé à devenir plus transmissible. Il mute pour échapper davantage à notre immunité et pour infecter encore et encore. Nous ne savons pas exactement comment tout cela va finir, mais nous savons que plusieurs de ces variants vont échapper à l’immunité. »

— Une citation de  Ryan Gregory, Université de Guelph

De plus, certains de ces variants semblent neutraliser les effets de la poignée de médicaments qui sont offerts pour traiter et protéger les personnes à risque de complications graves de la COVID-19. C’est le cas notamment des sous-variants BQ.1.1 et BA.2.75.2.

Ces sous-variants causeront-ils davantage de complications sérieuses? Difficile à dire à ce stade, indique M. Gregory. Santé Canada précise que, bien qu’Omicron ait été largement associé à une maladie moins grave par rapport aux variants précédents, la virulence des sous-lignées de BA.4 et BA.5 n'est actuellement pas claire.

Peut-on compter sur l'immunité hybride?

Puisque les deux tiers des Canadiens auraient été infectés (Nouvelle fenêtre) depuis décembre dernier, les autorités mentionnent de plus en plus l'immunité hybride – soit l'immunité acquise par une infection chez une personne vaccinée.

Cette immunité hybride pourrait-elle aider à réduire les répercussions d'une nouvelle vague? Impossible de le savoir avec certitude.

Santé Canada avertit, elle, que la durée de l’immunité hybride n’a pas encore été entièrement caractérisée (Nouvelle fenêtre).

Mais dans une étude publiée cette semaine, mais non révisée par des pairs (Nouvelle fenêtre), on a cherché à comprendre si une personne infectée doit également se faire vacciner. Les chercheurs ont comparé la protection contre une infection et contre une maladie grave entre les personnes infectées et non vaccinées, les personnes vaccinées et non infectées et les personnes avec une immunité hybride (infectées et vaccinées).

Nos résultats indiquent clairement la nécessité d'une vaccination, même parmi les personnes qui ont déjà été infectées, indique l'un des auteurs de l'étude, le Dr Niklas Bobrovitz.

Chez les trois groupes, la protection contre une hospitalisation et les complications graves reste élevée après six mois : 95 % de protection avec une immunité hybride; 80 % avec une infection sans vaccination; et 65 % avec les premières doses du vaccin sans infection. Chez les personnes avec une immunité hybride, la protection contre les complications dure au moins 12 mois.

Quant à la protection contre les réinfections, elle diminue rapidement à partir de six mois pour les trois groupes. Enfin, une infection par l’un des sous-variants d’Omicron réduit le risque de réinfection par un autre sous-variant d’Omicron. Toutefois, le Dr Bobrovitz précise qu’il est trop tôt pour savoir si cela s’applique à tous les nouveaux sous-variants.

Les chercheurs sont clairs : acquérir sciemment une infection dans l’espoir d’avoir une immunité hybride n’est pas recommandé.

« Les risques [associés à une infection à la COVID-19] sont importants et il serait imprudent de les ignorer. »

— Une citation de  Dre Maria Van Kerkhove, responsable technique de la gestion de l'épidémie de COVID-19 à l'OMS et auteure de l'étude

Il s'agit notamment des risques d'hospitalisation, d’admission aux soins intensifs, de nécessité d'une ventilation mécanique et de décès. Il y a également le risque de développer le syndrome post-COVID-19. De plus, ceux qui survivent à la COVID-19 grave ont un risque accru de complications cardiovasculaires, de démence, de diabète et d'affections respiratoires chroniques, écrivent les auteurs de l’étude, qui ajoutent que la vaccination demeure un moyen sûr d'éviter les conséquences graves de la maladie.

Tout comme les auteurs de l’étude, M. Gregory demande aux gens de prendre toutes les précautions nécessaires pour éviter de nombreuses infections.

« Nous ne savons pas ce qui se passe si vous êtes infecté 3, 4, 5, ou 6 fois. Nous ne comprenons pas tous les impacts à long terme des réinfections. Mais nous savons que chaque réinfection augmente les risques de complications. »

— Une citation de  Ryan Gregory, Université de Guelph
Des gens marchent.

Des gens sortent d'une station de métro de Montréal. Certains portent le masque, d'autres non.

Photo : La Presse canadienne / Graham Hughes

M. Gregory ne croit pas que les gouvernements devraient miser exclusivement sur l’immunité hybride, puisque le virus évolue trop rapidement. Il souligne que les autorités se fiaient sur le fait que des millions de Canadiens avaient été infectés l’hiver dernier pour avoir un été plus calme. C'est tout le contraire qui s'est produit.

La Dre Kerkhove précise que l'immunité hybride à elle seule ne mettra pas fin à la pandémie.

« Des vagues d'infection continueront de se produire même lorsque les niveaux d'immunité hybride seront élevés, car les vaccins actuels n'empêchent pas complètement l'infection – ce n'est pas l'objectif principal des vaccins. »

— Une citation de  Dre Maria Van Kerkhove, responsable technique de la gestion de l'épidémie de COVID-19

De plus, il est difficile de savoir avec certitude à quel point la population est protégée par cette immunité hybride, puisque les Canadiens ont été infectés à des moments différents, avec des variants différents et qu’ils ont été vaccinés, certains entièrement, d’autre pas du tout, à des intervalles différents.

Rappelons aussi que seulement 40 % des Canadiens de plus de 60 ans ont eu la COVID-19; par conséquent, un grand nombre de personnes restent vulnérables à l'infection. Santé Canada ajoute que de nombreux Canadiens vaccinés n'ont pas nécessairement été infectés; ils ne possèdent donc pas l'immunité hybride.

La population n’est pas suffisamment vaccinée

Une clinique de vaccination en fonction.

Les Canadiens ont désormais accès à trois vaccins : le vaccin original et deux vaccins bivalents, qui visent certaines sous-lignées d'Omicron.

Photo : Radio-Canada

Sachant que la protection des vaccins diminue avec le temps, Santé Canada recommande une dose de rappel pas plus de six mois après la dernière.

D’ailleurs, une étude canadienne publiée dans JAMA (Nouvelle fenêtre) montre que l’efficacité contre une infection à Omicron est de seulement 36 % avec deux doses. Elle est de 61 % avec une dose de rappel.

Au Canada toutefois, seulement 16 % de la population a reçu une dose depuis moins de six mois. Au Québec, c’est 22 %.

Ces données préoccupent la Dre Catherine Hankins.

« Il n’y a pas assez de personnes qui sont protégées. Et, dans bien des cas, leur immunité a diminué. Même si on n’a pas un nouveau variant super dangereux qui émerge, on n’aura pas suffisamment de protection. »

— Une citation de  Dre Catherine Hankins, Université McGill

Le nombre de cas, de décès et d’hospitalisations demeure élevé

Une infirmière revêt une tunique protectrice avant de voir un patient à l'Hôpital Humber River.

40 % des hospitalisations liées à la COVID-19 depuis le début de la pandémie au Canada sont survenues en 2022.

Photo : CBC/Evan Mitsui

La Dre Hankins s’inquiète aussi de l’impact de nouvelles vagues sur les systèmes de santé. Même si les nouveaux variants sont moins dangereux, leur haute transmissibilité risque de causer un nombre extrêmement élevé d'hospitalisations, comme cela a été le cas l’hiver dernier, rappelle-t-elle.

Notre système de santé n’a pas la capacité [d'absorber une grosse vague]. Nous avons des délais en chirurgie accumulés depuis deux ans. Nous avons un système de santé et des travailleurs qui sont stressés.

D’ailleurs, si la situation s’est légèrement améliorée au cours des dernières semaines, elle demeure fragile. L’année 2022 a été particulièrement difficile.

Parmi les plus de 192 000 hospitalisations liées à la COVID-19 au Canada recensées depuis le début de la pandémie, il y en a eu plus de 73 000 en 2022. En comparaison, environ 12 000 Canadiens sont hospitalisés (Nouvelle fenêtre) annuellement à cause de la grippe.

Au Québec, la COVID-19 a mené à près de 36 000 hospitalisations depuis janvier 2022, soit presque trois fois plus qu’en 2021. Depuis le mois de juin dernier, près de 14 000 Québécois ont été hospitalisés.

Au Canada, près de 15 000 personnes sont décédées des suites de la COVID-19 en 2022, soit autant qu’en 2020 et plus qu’en 2021. Avant le début de la pandémie, on dénombrait en moyenne 3500 décès causés par la grippe au pays.

Au Québec, près de 5000 personnes sont décédées de la COVID-19 en 2022, comparativement à environ 3800 en 2021. Quant à la grippe, elle tue en moyenne 360 personnes par an au Québec (en 2018, elle a tué environ un millier de Québécois).

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