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Champignons tueurs d’amphibiens

Depuis quelques années, une nouvelle menace s’ajoute au déclin des amphibiens. Deux champignons chytrides causent une mortalité massive dans certaines régions du monde. À chacun sa pandémie…

Des petits points noirs sur certaines parties du corps de la salamandre de feu.

Une salamandre de feu, aussi appelée salamandre tachetée ou Salamandra salamandra, infectée par le Batrachochytrium salamandrivorans, qui se traduit par les petits points noirs observables sur les parties jaunes du corps.

Photo : Frank Pasmans, UGent

Carine Monat

Nous sommes en avril 2021. Des scientifiques du Biodôme de Montréal ont les pieds dans l’eau à Boucherville, sur la rive sud du fleuve Saint-Laurent. Entourés de végétation et de grenouilles, ils cherchent des rainettes faux-grillons. L’une d’elles se déplace avec difficulté et présente des rougeurs sur le ventre et les cuisses.

L’animal est envoyé au Centre québécois sur la santé des animaux sauvages pour établir le diagnostic. Le vétérinaire Stéphane Lair examine les tissus de la grenouille au microscope et voit des lésions très caractéristiques d’infections de la peau par la chytridiomycose, la maladie engendrée par les champignons chytrides. Une analyse moléculaire par PCR confirme la présence du champignon Batrachochytrium dendrobatidis, aussi appelé Bd.

Grenouille morte ventre en l'air.

Une rainette faux-grillon boréale atteinte de chytridiomycose qui présente des rougeurs sur la partie ventrale.

Photo : Karine Béland, Espace pour la vie, Biodôme

C’est la première fois en milieu naturel au Québec qu’un amphibien est retrouvé avec la chytridiomycose. Pourtant, le Bd est présent dans la province depuis au moins 60 ans. On le trouve aussi en Ontario, au Nouveau-Brunswick, en Nouvelle-Écosse, dans le sud du Nunavut et en Colombie-Britannique. Il semble endémique au Canada.

Le Batrachochytrium dendrobatidis

Ailleurs dans le monde, le Bd engendre une mortalité massive de grenouilles, retrouvées par dizaines, ventre en l’air, principalement en Amérique centrale et en Australie. Il aurait anéanti des centaines d’espèces de grenouilles. Découvert au Panama dans les années 90, il est originaire d’Asie et s’est propagé sur tous les continents où l’on trouve des amphibiens.

Crapauds morts allignés pour la photo.

Des dizaines de crapauds accoucheurs morts d'une infection au Batrachochytrium dendrobatidis, retrouvés le ventre en l'air dans les Pyrénées par une équipe de scientifiques.

Photo : Matthew Fisher, Imperial College London

Le Batrachochytrium salamandrivorans

En 2013, un deuxième champignon est découvert, aux Pays-Bas (Nouvelle fenêtre) cette fois, après avoir décimé 96 % d’une population de salamandres de feu. Il est spécifique aux salamandres, d'où son nom Batrachochytrium salamandrivorans, ou Bsal. Lui aussi originaire d’Asie, où il est endémique, on le trouve désormais en Belgique, en Allemagne et, depuis 2018, en Espagne. Les autres pays européens sont sur le qui-vive.

Une sous-espèce de salamandre de feu, <em>Salamandra salamandra terrestris</em>.

Cette salamandre de feu appartient à la sous-espèce Salamandra salamandra terrestris, très répandue en Europe. On la reconnaît à ses longues taches jaunes disposées en deux bandes parallèles sur son dos.

Photo : Frank Pasmans, UGent

Les scientifiques redoutent son arrivée sur le continent américain. Les espèces d’ici ne connaissent pas ce champignon. Son introduction pourrait être dévastatrice pour les populations locales et la biodiversité. Il faut savoir que la moitié des espèces de salamandres connues dans le monde vivent en Amérique du Nord, s’émerveille le chercheur David Lesbarrères.

Il ajoute que 65 espèces locales ont été testées [à une infection au Bsal]. Elles étaient toutes susceptibles de mourir en quelques jours.

Trafic d’animaux

L’arrivée de ce champignon en Europe serait liée au trafic d’amphibiens. Aux États-Unis, on estime que 150 000 salamandres sont importées chaque année, dont 99 % viennent d’Asie, s’inquiète la doctorante Léa Fieschi-Méric. De nombreux scientifiques pensent que ce commerce, légal ou illégal, sera la voie d’entrée du Bsal au Canada.

Son directeur de thèse, David Lesbarrères, fait partie du groupe de surveillance des chytrides au Canada.

« La question, ce n'est pas vraiment de savoir s’il va arriver, mais plutôt quand il va arriver. »

— Une citation de  David Lesbarrères, membre du groupe de surveillance des chytrides au Canada

Pour éviter sa propagation, le gouvernement canadien a modifié son règlement sur le commerce d’espèces animales et végétales sauvages (Nouvelle fenêtre) pour interdire l’importation de toutes les espèces de salamandres, sauf au moyen d’un permis. Les États-Unis ont aussi légiféré pour limiter les importations.

À l’échelle provinciale, l’Ontario et le Québec ont interdit l’utilisation d’animaux vivants, comme les grenouilles, en guise d’appât pour la pêche récréative. Ils provenaient souvent des États-Unis ou d’une autre province, et étaient des réservoirs à contaminants. Initialement, cette mesure a été adoptée pour contrer un virus, à la suite de travaux de M. Lesbarrères, mais elle est aussi efficace contre les champignons.

À l’échelle individuelle, certains parcs en Belgique suggèrent de désinfecter ses bottes avant une randonnée. Le Bsal meurt au-dessus de 25 degrés Celsius, donc juste mettre ses bottes sous un radiateur bien chaud, ça permet d'enlever des pathogènes et de limiter les risques, indique Léa Fieschi-Méric.

Défenses naturelles de certains amphibiens

Un traitement existe sous forme de bain antifongique pour les animaux en captivité, mais il est difficilement adaptable aux milieux naturels. Des scientifiques se tournent vers les défenses naturelles de certains amphibiens, comme la salamandre cendrée du Canada, qui résiste à l’infection fongique grâce à des bactéries présentes dans le microbiome de sa peau.

Après quelques mois au cœur du parc Algonquin en Ontario, Léa Fieschi-Méric a beaucoup d’échantillons de peau de tritons verts, de salamandres maculées et de salamandres à points bleus. Elle analyse ensuite la composition de leur microbiome cutané en espérant y trouver des bactéries protectrices et, pourquoi pas, en identifier de nouvelles.

À long terme, la bio-augmentation de leur microbiome par l'ajout de bactéries protectrices, ça peut être une solution qui serait envisageable, explique l’apprentie chercheuse, avant de préciser qu’on n'en est pas du tout encore là [la bio-augmentation], parce que ça pose des problèmes éthiques, d’ajouter des bactéries dans la nature.

Conserver les espèces en captivité

En attendant des traitements potentiels, la solution mise en avant par l’Union internationale pour la conservation de la nature consiste à maintenir en captivité les amphibiens les plus touchés, dans l’espoir de les relâcher dans leur environnement. Près de 300 programmes de reproduction ont été mis sur pied partout dans le monde, comme au Biodôme de Montréal.

L’institution montréalaise abrite des spécimens de grenouilles dorées (Nouvelle fenêtre), ou Atelopus zeteki, décimées en Amérique centrale. Cette petite grenouille jaune tachetée de noir, aux traits anguleux, est vénérée au Panama. Elle a même une journée nationale, le 14 août, en plus d’être représentée sur les billets de loterie en guise de porte-bonheur. Sujette à la capture par les collectionneurs, ou par les hôteliers soucieux d’attirer les touristes, la population était déjà fragile avant l’arrivée du champignon.

Grenouille dorée du Panama sur une feuille dans un vivarium.

La population de grenouilles dorées du Panama, ou Atelopus zeteki, a été décimée par le champignon Batrachochytrium Dendrobatidis.

Photo : Radio-Canada / Carl Mondello

Au Biodôme, dans une salle loin du public, les grenouilles s’accouplent. Le mâle, plus petit que la femelle, s’accroche au dos de cette dernière pendant des heures, des jours, voire des semaines en captivité. Il féconde les œufs au fur et à mesure que la femelle pond. On a eu notre première ponte autour de la Saint-Valentin 2019. Et depuis, on a eu sept pontes de cette grenouille, se réjouit Linda Paetow, technicienne en soins animaliers, spécialiste des amphibiens à l’Espace pour la vie.

Deux grenouilles dorées du Panama en accouplement, entourées d'œufs.

Deux grenouilles dorées en accouplement entourées d'œufs, que le mâle féconde au fur et à mesure de la ponte par la femelle.

Photo : Marisa Scrilatti, Espace pour la vie, Biodôme

David Lesbarrères rappelle que la propreté [dans laquelle vivent ces animaux] induit la disparition de bactéries qui pourraient leur être favorables. Donc, Léa Fieschi-Méric étudie aussi les effets de cette captivité sur les défenses naturelles des amphibiens.

Le déclin des amphibiens

Les amphibiens existent depuis plus de 350 millions d'années. Ils ont côtoyé les dinosaures et ont survécu à quatre extinctions de masse. Pourtant, c’est actuellement la classe animale la plus menacée d’extinction, avec plus du tiers des espèces classées en danger sur la liste rouge de l’Union internationale pour la conservation de la nature (Nouvelle fenêtre). Des dizaines ont déjà disparu.

La perte d’habitat est la cause principale de ce déclin, que ce soit en raison de la pollution, de la déforestation, de la sécheresse, de l’étalement urbain… Et les menaces se multiplient : espèces envahissantes, surexploitation commerciale, changements climatiques, maladies émergentes comme ces champignons chytrides, etc.

Pour expliquer le cas de la rainette faux-grillon malade, Stéphane Lair pense que le stress, attribuable à un environnement sous-optimal, affaiblit le système immunitaire de l’animal, qui pourrait [alors] développer une infection secondaire par du Bd et en mourir.

Le rôle des amphibiens dans l’écosystème

Linda Paetow nous rappelle l’importance de ces petits animaux prédateurs. Elle raconte un exemple survenu au Moyen-Orient, où la capture de nombreuses grenouilles pour le commerce des cuisses a fait augmenter de façon significative les moustiques. Et on sait bien que les moustiques peuvent être porteurs de maladies nuisibles aux humains.

De plus, avec leur peau perméable et leur vie semi-aquatique, ce sont les premiers touchés par des contaminants. On pourrait dire que ce sont les canaris dans une mine de charbon. […] Leur déclin nous indique qu'il y a des problèmes dans l'environnement qui vont éventuellement affecter d'autres espèces et nous inclure, conclut-elle.

« Ce sont les canaris dans une mine de charbon. »

— Une citation de  Linda Paetow, technicienne en soins animaliers, spécialiste des amphibiens à l’Espace pour la vie
Grenouille tropicale à la peau transparente sur une branche.

La grenouille de verre doit son nom à sa peau abdominale transparente qui rend visibles les organes comme le cœur, le foie et l'intestin. De la famille des Centrolenidae, elle vit dans les forêts tropicales d'Amérique Centrale et d'Amazonie.

Photo : Getty Images

Le reportage de Carine Monat et de Simon Giroux est diffusé à l'émission La semaine verte le samedi 29 janvier à 17 h, ainsi que le dimanche 30 janvier à 12 h 30 sur ICI TÉLÉ et à 20 h sur ICI RDI.

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