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Une équipe de l’Université de la Saskatchewan fait une découverte sur la COVID-19

Voici la carte la structure moléculaire de la protéine de pic de 2019-nCoV.

« Ma contribution a été d'utiliser un modèle de la protéine de spicule, et de faire des simulations de cette protéine », explique le Dr Olivier Fisette.

Photo : Univ. du Texas à Austin/Jason McLellan

Une équipe de recherche de l'Université de la Saskatchewan a montré qu'il est possible de déstabiliser la structure du virus qui cause la COVID-19.

Cette découverte pourrait déboucher sur de nouvelles options de traitement, selon le Dr Olivier Fisette, cosignataire de l'étude et analyste informatique, qui a simulé la protéine de spicule du virus afin d'en observer la structure.

Il explique que ces simulations ont pu montrer qu'il est possible de déstabiliser la structure de la protéine de spicule du SRAS-CoV-2.

La protéine de spicule du SRAS-CoV-2?

Elle se trouve à la surface du SRAS-Co-V2, le virus qui cause la COVID-19. C’est sur cette protéine que les vaccins à ARNm agissent.

S'intéresser aux ponts disulfures de la protéine

Toutes les protéines ont des structures tridimensionnelles bien particulières et c'est ce qui leur permet de réaliser leur fonction, explique le Dr Fisette.

La recherche a permis de s'intéresser à un élément nommé pont disulfure.

Les ponts disulfures sont des éléments nécessaires pour que la protéine puisse maintenir sa structure dans l'espace. Si ces ponts sont brisés, certaines protéines peuvent perdre leur structure, indique le Dr Fisette.

Les recherches menées par cette équipe ont démontré que c'était le cas pour la protéine de spicule qui cause la COVID-19.

Si l'on rompt les quatre ponts disulfures qui sont présents dans une région particulière de la spicule, indique le Dr Fisette, cette protéine devient déstabilisée.

La protéine permet de reconnaître des récepteurs qui sont à la surface de la cellule humaine pour s'y ancrer, ajoute-t-il.

La question que pose la recherche (Nouvelle fenêtre) est donc la suivante : si les ponts sont brisés, est-ce que le virus perd de sa capacité à causer la COVID-19?

Le Dr Olivier Fisette est un analyste dans le milieu informatique. Comment son champ d'expertise s'est-il intégré à cette recherche?

Ma contribution a été d'utiliser un modèle de la protéine de spicule, et de faire des simulations de cette protéine , explique-t-il.

Le Dr Fisette fait la comparaison avec un simulateur d'avion, qui permet d'imaginer un appareil en vol pour calculer l'influence des vents sur sa trajectoire.

On prend une protéine, on la simule dans un ordinateur et on se demande qu'est-ce qui se passe.

Le Dr Fisette explique que les simulations permettent en outre de faire des choses impossibles dans la réalité, comme briser des ponts disulfures et comparer.

Le rôle principal de cette recherche, explique le Dr Andrey Grishin, autre cosignataire de l'étude, est d'être offerte à n'importe quel savant qui s'en servira comme point de départ pour ses recherches. Il s'agit surtout de gagner en connaissances pour faire avancer la recherche, note-t-il.

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