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Pourquoi ne pas utiliser les eaux usées pour mieux suivre l’évolution de la COVID-19?

« Les eaux usées, c’est comme le deuxième moteur d’un avion. Quand le premier moteur – le dépistage – tombe en panne, les eaux usées deviennent un outil très utile », illustre Sarah Dorner, de Polytechnique Montréal.

Des personnes munies d'équipements de recherches.

Des chercheurs de l’Université de Calgary qui suivent des traces de COVID-19 dans le système d’assainissement des eaux usées à Calgary, en Alberta.

Photo : La Presse canadienne / Jeff McIntosh

Depuis le début de la pandémie, de nombreux chercheurs canadiens analysent les eaux usées pour calculer la présence et la concentration de SRAS-CoV-2. Toutefois, ces données, même si elles ont fait leurs preuves, ont été peu utilisées par la plupart des autorités sanitaires canadiennes.

Partout au pays, les autorités n’arrivent plus à dépister toutes les personnes infectées par la COVID-19. Mais des chercheurs qui analysent la concentration du virus dans les eaux usées comprennent mal pourquoi on n'utilise pas davantage leurs données pour suivre l’évolution de cette vague, surtout au moment où les centres de dépistage ont atteint leur capacité maximale.

Nous savons que les eaux usées permettent de détecter le niveau de concentration du virus dans une communauté. Et l’avantage de cet indicateur est qu’il n’est pas lié aux tests cliniques. Tandis que nous avons dépassé la capacité des centres de dépistage et que les stratégies de dépistage changent, le signal provenant des eaux usées ne change pas, dit Robert Delatolla, professeur agrégé au Département de génie civil de l'Université d'Ottawa, qui analyse les eaux usées de la ville d'Ottawa depuis le début de la pandémie.

Sachant que les cas déclarés sont largement sous-estimés, les autorités se rabattent désormais sur le taux de positivité et sur le nombre d’hospitalisations pour suivre la progression de la transmission. Mais comme pour tous les indicateurs, ils ont des limites, rappelle M. Delatolla.

Par exemple, si le dépistage est limité à une tranche de la population, le taux de positivité devient moins fiable. Quant aux hospitalisations, il y a un délai d’environ deux semaines avant que la hausse ou la diminution des cas se reflète dans leur nombre. Il est donc plus difficile et plus long de voir si les mesures fonctionnent.

Sarah Dorner, professeure au Département des génies civil, géologique et des mines de Polytechnique Montréal, ajoute que les plateformes d’autodéclaration des infections, comme ce qui est proposé par le gouvernement du Québec, ne seront pas suffisantes. Ce n’est pas tout le monde qui va le faire, dit la professeure Dorner, qui travaille depuis six mois avec un groupe de chercheurs québécois qui analysent les eaux usées de la province.

C'est pourquoi, pour M. Delatolla, l'analyse des eaux usées offrirait un très bon aperçu du nombre de cas à venir et permettrait de voir quand il commencera à se stabiliser et à diminuer. Je pense que c’est un outil très précieux en ce moment. Ces analyses pourraient aider les autorités à mieux déterminer le moment de relâcher ou resserrer certaines règles sanitaires, croit-il.

Une technique qui a fait ses preuves

Robert Delatolla.

Le professeur Robert Delatolla pose devant une station de pompage utilisée pour prélever des échantillons d’eaux usées qui font l’objet d’un dépistage de la COVID-19.

Photo : La Presse canadienne / Adrian Wyld

Si ce type d’indicateur ne permet pas de quantifier un nombre exact de cas dans une région, il permet toutefois de voir un changement dans les tendances, avant même qu’on puisse voir le nombre de cas augmenter, expliquent Mme Dorner et M. Delatolla.

« Une fois que c'est dans les eaux usées, on sait très bien que le virus se propage dans la communauté. »

— Une citation de  Sarah Dorner, Polytechnique Montréal

Lorsque ces deux chercheurs comparent la courbe des concentrations du virus dans les eaux usées à celle du nombre déclaré de cas, la corrélation est frappante. Les deux courbes sont presque identiques, sauf que celle des eaux usées est en avance de plusieurs jours.

Les eaux usées permettent aussi de détecter l’arrivée de nouveaux variants ou de nouvelles vagues.

M. Delatolla ajoute que leurs analyses ont détecté le variant Omicron dès la fin novembre et qu'ils ont observé les concentrations d’Omicron augmenter vers le 10 décembre. Au Québec, les analyses des eaux usées montraient que le variant Omicron était bel et bien présent dès le 4 décembre. Le gouvernement du Québec a confirmé la présence du variant Omicron seulement le 17 décembre.

Sarah Dorner dit que l’analyse des eaux usées est d’autant plus importante lorsque le système de dépistage ne fournit plus.

Durant la troisième vague, explique-t-elle, Montréal a très bien réussi à dépister et à identifier les cas et à tracer les contacts. Les gens recevaient leurs résultats en quelques heures, donc l’analyse des eaux usées n’était pas nécessairement plus rapide. Mais en ce moment, les résultats arrivent plusieurs jours plus tard et on teste seulement une portion de la population; les résultats des eaux usées seraient beaucoup plus rapides et plus efficaces pour voir l’évolution de la propagation communautaire.

« Les eaux usées, c’est comme le deuxième moteur d’un avion. Quand le premier moteur – le dépistage – tombe en panne, les eaux usées deviennent un outil très utile. Lorsque le suivi des cas cliniques est rapide, on n’est pas très compétitif, mais lorsqu‘on est dans la situation actuelle, il n’y a pas de compétition. »

— Une citation de  Sarah Dorner, Polytechnique Montréal

Un outil supplémentaire pour guider les autorités

Selon Mme Dorner, offrir ces données au public permettrait aux gens de mieux comprendre l’ampleur de la situation.

On dit qu’on veut responsabiliser les gens. Mais on ne leur a pas fourni tous les éléments essentiels pour évaluer leur niveau de risque personnel. Les gens n’ont aucune idée de ce qui se passe autour d’eux. Les eaux usées peuvent nous aider à comprendre le niveau de risque d’une communauté.

Au Québec, le projet de recherche n’a plus de financement depuis le mois de décembre. Auparavant, des échantillonnages étaient prélevés quotidiennement aux quatre coins de la province. Par contre, le gouvernement du Québec n’a jamais utilisé ces données.

Du côté de l’Ontario, les échantillonnages continuent. En fait, sur les quelque 250 sites de collecte d’eaux usées au pays, 175 sont en Ontario. On retrouve, dans une moindre mesure, des sites d'échantillonnage en Alberta, en Colombie-Britannique, en Nouvelle-Écosse, au Manitoba et dans les Territoires-du-Nord-Ouest.

Certaines directions de santé publique locales utilisent davantage ces données que d’autres, selon M. Delatolla. Ottawa est probablement l’une des villes qui utilisent régulièrement l’analyse des eaux usées pour surveiller la situation épidémiologique et même pour prendre des décisions concernant les mesures à adopter. Les résultats et graphiques sont facilement accessibles au public. (Nouvelle fenêtre)

En fait, en décembre 2020, ce sont ces analyses qui ont guidé la directrice de santé publique d’Ottawa, la Dre Vera Etches, à imposer des mesures plus strictes avant même que le nombre de cas n'augmente dans sa communauté. Le nombre de cas déclaré était encore stable, mais les eaux usées montraient une augmentation de la concentration du SRAS-CoV-2, explique M. Delatolla. Les cas ont bel et bien augmenté peu après.

Mme Dorner ajoute que ce type d’analyse peut être utilisé pour surveiller la situation dans des établissements vulnérables, comme les centres de soins de longue durée, les hôpitaux et les centres de détention. On peut prendre des échantillons à la sortie de ces établissements. Et aussitôt qu’on voit un positif, c’est signe qu’il faut aller faire du dépistage et augmenter la vaccination, dit Mme Dorner.

Selon M. Delatolla, le gouvernement de l’Ontario doit, sous peu, ajouter l’analyse des eaux usées à son tableau de bord et offrir ces données au public. Les gens pourront suivre la courbe des eaux usées, comme ils l’ont fait avec le nombre de cas, dit-il.

Pour sa part, Mme Dorner souhaite que le projet au Québec obtienne davantage de financement, surtout pour établir un système de surveillance à long terme.

Établir un système de vigie

Les deux chercheurs croient que l’analyse des eaux usées doit être une méthode utilisée non seulement lors de cette vague importante, mais aussi pour le reste de la pandémie.

Nous ne pourrons pas continuer de tester autant de personnes à l’infini. Le coût serait beaucoup trop élevé. Mais on peut tracer des milliers de personnes avec un échantillon. Et on pourrait le faire de façon sporadique, dit M. Delatolla.

Ces chercheurs ajoutent que la vigie des eaux usées peut être utilisée non seulement pour surveiller le SRAS-CoV-2, mais aussi pour surveiller d’autres virus, comme l’influenza ou le virus respiratoire syncytial (VRS). Par ailleurs, depuis plusieurs années, le Canada analyse les eaux usées pour surveiller la consommation de drogues illicites ou pour détecter la présence de contaminants.

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