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COVID-19 : tout s’est finalement joué avant la semaine de relâche, au Québec

La première vague de COVID-19 à avoir frappé le Québec au printemps 2020 n'a pas déferlé exactement comme on l'avait cru.

Illustration montrant la main d'un scientifique qui modifie les gènes de l'ARN du coronavirus en laboratoire.

Les données génétiques permettent aux chercheurs de brosser un portrait phylogénétique de la transmission du SARS-CoV-2.

Photo : iStock

Si la fermeture des frontières et la mise en place d’une quarantaine pour les voyageurs a eu un impact sur la propagation de la COVID-19 au Québec, le mal était déjà fait avant le début de la semaine de relâche en mars 2020, montre une analyse de milliers de séquences génétiques de CoVSeQ.

Ce regroupement pour le séquençage du SRAS-CoV-2 au Québec a analysé 2921 séquences génomiques (Nouvelle fenêtre) prélevées chez des personnes infectées au cours de la première vague. Ces séquences sont un outil essentiel pour suivre la propagation et l'évolution locales et mondiales du virus et de ses variants.

D’une infection à l’autre, les pathogènes accumulent naturellement des mutations dans leurs génomes. Ces erreurs peuvent être utilisées comme marqueurs de la transmission puisque les génomes qui ont des séquences semblables sont reliés. Les chercheurs peuvent ainsi établir le lien de parenté entre les virus (la phylogénie) et établir d’où provient le virus et comment il se répand.

C’est un peu comme lire des codes barres [pour chaque infection], explique Jesse Shapiro, l’un des auteurs de l’étude, professeur agrégé au Centre de génomique de l'Université McGill.

L'« effet fondateur »

Parmi les 2921 séquences génomiques analysées chez autant d'individus, les chercheurs estiment que 600 ont été introduites au Québec entre la semaine de relâche (du 29 février au 9 mars 2020) et le 31 mars 2020, soit deux semaines après la fermeture des frontières et une semaine après la mise en place de la quarantaine pour les voyageurs.

Cependant, la plupart de ces cas n’ont pas donné lieu à une transmission à grande échelle, montrent les séquences génomiques analysées. De plus, on a observé que les rapatriements de Canadiens n'ont pas généré de grandes lignées de transmission au Québec (moins de 50 séquences analysées).

Il y a plusieurs infections qui ne mènent à rien, et les mutations de ces infections disparaissent. Ça peut être parce que la personne s’est mise en quarantaine ou parce qu’on a réussi à contenir la propagation, explique M. Shapiro.

Ce sont plutôt les virus introduits au Québec avant la semaine de relâche qui ont eu le plus grand impact sur la propagation de la maladie dans la province, montre l’analyse.

« Je ne blâmerais pas la semaine de relâche [pour le début de la propagation au Québec]. Ce sont les premières infections qui ont donné lieu au plus grand nombre d’infections. »

— Une citation de  Jesse Shapiro, Université McGill

Le premier cas de COVID-19 au Québec a été confirmé le 25 février 2020, mais, selon l'analyse, on estime qu’il y a eu de 15 à 17 introductions du virus dans la province avant le 25 février; la plupart n’étant pas liés à des antécédents de voyage.

Ces introductions initiales se sont avérées difficiles à éliminer, un phénomène observé un peu partout dans le monde. En fait, ce sont surtout les premiers cas qui ont propulsé la transmission au Québec.

M. Shapiro explique que, suivant le phénomène de l’effet fondateur, les premières lignées d’un virus à arriver à un endroit ont tendance à se propager avec le plus de succès. Celles qui arrivent plus tard ont généralement moins de chances de se frayer un chemin.

Ainsi, la plupart des lignées virales ramenées de l’étranger ont rapidement disparu après leur introduction au Québec. C’est un peu un jeu de chance; les premiers virus qui arrivent sont les premiers à pouvoir se propager et ont plus de chance de s’établir.

Portrait de Jesse Shapiro.

Jesse Shapiro est l'un des auteurs de l'étude.

Photo : Radio-Canada

L’effet super-propagateur

De 52 à 63 % d’un peu plus de 600 introductions du virus au Québec ont mené à moins de 20 cas. En revanche, de 7 à 12 introductions (de 0,9 à 1,6 %) auraient causé environ 1000 cas. Ainsi, une minorité d’infections ont donné lieu à des dizaines ou à des centaines d'infections ultérieures. Ces lignées se sont bien établies au Québec et étaient encore présentes dans la population au mois de mai.

Ces résultats démontrent qu’il y a eu un phénomène de super-propagation au Québec, semblable à ce qui a été observé ailleurs dans le monde, notamment au Massachusetts et au Royaume-Uni.

Les premiers virus ont mené à de plus grandes chaînes de transmission, dit M. Shapiro.

Une amélioration génétique plus transmissible venant d’Europe

Les chercheurs ont également pu établir que la plupart des lignées analysées provenaient d'Europe.

Parmi les 2921 séquences analysées, on a pu confirmer, avec l’aide des enquêtes des autorités de santé publique, que 328 personnes avaient récemment voyagé. La majorité des voyageurs ont déclaré revenir des Caraïbes et d'Amérique latine (32 %), principalement du Mexique (9,5 %) et de la République dominicaine (9 %).

La même proportion revenait d'Europe, la plupart de France (12 %) et d'Espagne (6 %). Enfin, 24 % revenait des États-Unis.

Moins de 1,5 % des voyageurs revenaient d’Asie et aucun n’avait été en Chine, épicentre de la pandémie. 

La mutation D614G dans la protéine spicule – une mutation de la souche originale de Wuhan d’abord observée en Europe – était présente dans les dix introductions du virus qui se sont le plus établies au Québec.

À l’opposé, les analyses montrent que les premières infections dans l’ouest du Canada et des États-Unis provenaient majoritairement de Chine.

Pour M. Shapiro, cela montre que la fermeture des frontières (d’abord seulement aux voyageurs revenant de Chine) n’était pas une mesure suffisante, puisque le virus circulait déjà abondamment dans le monde.

Nous étions en train de rattraper notre retard à ce moment. Avant même que nous ayons des preuves solides, le virus s’était déjà beaucoup propagé [dans le monde]. La quarantaine pour les voyageurs a été efficace, mais, si elle avait été mise en place plus tôt, nous aurions pu briser certaines chaînes de transmission.

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