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Quels sont les variants du coronavirus qui inquiètent les experts?

Un homme devant des échantillons d'eaux usées.

La France a recours à l'analyse des eaux usées pour détecter la propagation du virus et de ses variants.

Photo : Associated Press / Daniel Cole

Depuis la fin de 2020, la multiplication des cas liés à des variants du SRAS-CoV-2 provenant de trois pays inquiète particulièrement les autorités. Quels sont ces variants qui pourraient provoquer une troisième vague d’infection?

D’entrée de jeu, il faut rappeler qu’il est tout à fait normal de voir des mutations dans un virus. Lorsque le virus se multiplie, il accumule des mutations (changements au code génétique). La plupart de ces mutations n’ont pas d’impact sur le taux de mortalité ou sur le rythme d'infection.

Toutefois, les variants identifiés au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil ont tous subi des mutations dans la protéine nommée spicule. Ainsi, ces variants semblent être davantage capables d’attaquer les cellules et de se propager. Que sait-on de ces variants?

Variant B.1.1.7  (Royaume-Uni)

  • Découvert en septembre

  • Présent dans plus de 60 pays, dont le Canada

  • Ce variant se transmet de 30 % à 70 % plus facilement

Ce variant est responsable de la croissance exponentielle du nombre d’infections au Royaume-Uni. Le variant B.1.1.7. a frappé soudainement et très rapidement, il a donc été difficile de le contenir. Au début de novembre, le quart des nouvelles infections détectées au Royaume-Uni étaient liées à ce variant. En décembre, c’était 60 %. Aujourd’hui, ce variant domine les nouvelles infections.

Non seulement ce variant semble plus contagieux, mais il serait également plus mortel. Notons qu’environ 30 % des 106 000 décès au Royaume-Uni ont été recensés depuis le 1er  janvier 2021. Plus de 33 000 Britanniques sont morts de la COVID-19 en moins d’un mois. 

Le CDC a indiqué cette semaine que ce variant, même s'il est encore peu présent aux États-Unis, pourrait devenir le variant le plus dominant d’ici le mois de mars.

Ce variant a été détecté au Canada. Au début de février, il y avait plus de 70 cas en Ontario, près d’une dizaine au Québec, une cinquantaine en Alberta et une quinzaine en Colombie-Britannique.

Selon une modélisation de la propagation de la COVID-19 développée par des chercheuses de l’Université Simon Fraser, si le nombre de cas augmentait de 30 %, le pays pourrait connaître jusqu’à 20 000 nouveaux cas quotidiens lors d’une autre vague en mars.

Selon les premiers constats, le vaccin de Pfizer et BioNTech est efficace contre ce variant. Moderna étudie la possibilité d’ajouter une dose supplémentaire pour que son vaccin soit davantage efficace contre ce dernier.

Par contre, les autorités britanniques disent avoir récemment une autre mutation dans le variant B.1.1.7 qui serait potentiellement plus contagieuse et qui semble rendre certains vaccins moins efficaces. Une campagne de dépistage de porte-à-porte a été lancée dans certaines zones pour essayer de circonscrire la propagation de ce « super-variant ».

Les vaccins de Novavax et Janssen (pas encore approuvés au Canada) semblent être efficaces contre ce variant.

Variant B.1.351 (Afrique du Sud)

  • Découvert en octobre

  • Présent dans plus de 30 pays, dont le Canada

Ce variant inquiète les experts en raison de son nombre élevé de mutations, surtout dans le spicule.

Selon les estimations, ce variant est 50 % plus contagieux, mais il ne serait pas plus mortel. Ce nouveau variant pourrait aussi présenter un risque de réinfection plus élevé, mais les études à ce sujet sont encore préliminaires.

Le premier cas du variant B.1.351 a été découvert pour la première fois au pays en Alberta, au début du mois de janvier. Une personne en Ontario qui a été infectée par ce variant n’aurait pas voyagé ni n’aurait eu de contact avec un voyageur, signe que le variant a possiblement commencé à se propager dans la communauté.

Les vaccins semblent être un peu moins efficaces contre ce variant; Novovax (efficace à 60 %), Johnshon & Johnson (efficace à 57 %). Moderna et Pfizer disent qu’ils étudient la possibilité d’ajouter une dose supplémentaire pour que leur vaccin soit davantage efficace contre ce variant.

Variant P.1 (Brésil)

  • Découvert en novembre

  • Présent au Brésil et aux États-Unis

La ville de Manaus au Brésil avait été fortement touchée par le virus lors de la première vague au printemps. En fait, on estimait qu’en octobre, 75 % de la population avait été infectée. C’est pourquoi les experts ont été surpris par une nouvelle vague de cas et d’hospitalisations en janvier. 

Une centaine de personnes attendent pour acheter des bonbonnes d'oxygène.

Les hôpitaux de Manaus manquent de bonbonnes d'oxygène et plusieurs familles de patients hospitalisés essaient d'en acheter de compagnies privées.

Photo : Reuters / BRUNO KELLY

Les chercheurs ont encore peu de réponses à leurs questions concernant ce variant, mais la hausse fulgurante du nombre d’hospitalisations les inquiète. Est-ce que ce variant est plus contagieux et a réussi à infecter les personnes qui y avaient échappé? Ou est-ce que ce variant réinfecte ceux qui ont déjà été malades? Ont-ils surestimé le nombre de personnes qui avaient été infectées au printemps?

Tandis que le variant britannique a pris trois mois pour dominer les nouvelles infections, le variant brésilien a réussi à dominer en un mois. En décembre 52 % des nouveaux cas étaient liés à ce variant; en janvier, c’était plus de 85 %.

Variant CAL.20C (Californie)

  • Découvert en juillet

  • Présent en Californie et dans au moins 11 États (Arizona, Connecticut, Maryland, New Mexico, Nevada, New York, Texas, Utah, Washington, Wyoming et District de Columbia)

Les chercheurs américains cherchaient la présence du variant britannique, mais ils ont plutôt découvert un variant californien. Il semblerait que ce variant existe depuis juillet, mais il a commencé à se répandre davantage en novembre. Ce variant est maintenant responsable de plus de la moitié des cas à Los Angeles. Ailleurs dans l’État de la Californie, entre 20 % et 30 % des cas seraient reliés à ce variant.

Les chercheurs n’ont pas encore déterminé avec certitude si ce variant est plus infectieux ou plus mortel. Toutefois, il faut noter que le nombre de cas et de décès a monté en flèche en décembre et en janvier dans cet État et que ce variant a été détecté dans plusieurs éclosions.

Un variant canadien à l’horizon?

Pour l’instant, il semblerait que le variant britannique se répande le plus rapidement à travers la planète. 

Mais le directeur national de santé publique du Québec, le Dr Horacio Arruda, est clair : le Québec et le Canada ne sont pas à l’abri de leur propre variant. Plus on transmet la maladie, plus il y a de chances qu’il y ait des mutants qui s’installent. Ça peut être des mutants qui peuvent ne pas être dangereux du tout, mais ça peut devenir des souches dangereuses.

Par exemple, le Québec a détecté dans le cadre de ses analyses génomiques un cas qui s'apparente à une mutation découverte en Australie. Toutefois, les autres mutations qui définissent la lignée australienne n’étaient pas présentes dans l’échantillon du patient du Québec, explique l'Institut national de santé publique du Québec (INSPQ). La souche québécoise porteuse de cette mutation appartient donc à une lignée distincte.

L'INSPQ indique que cette situation est sous surveillance, mais n’est pas source de préoccupation à l’heure actuelle.

La conseillère scientifique en chef du premier ministre, Mona Nemer, partage les préoccupations du Dr Arruda. Des variants pourraient échapper aux vaccins, a-t-elle prévenu dans une entrevue aux Coulisses du pouvoir. Elle ajoute que la stratégie de retarder la deuxième dose du vaccin – comme c’est le cas au Québec – peut entraîner le développement de variants.

Elle ajoute que les provinces doivent absolument accélérer la cadence du nombre de tests faits pour limiter la propagation de ces variants.

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