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Une différente souche de la COVID-19 explique-t-elle le lourd bilan au Québec?

Image d'une molécule.

Une illustration du coronavirus

Photo : Reuters / NEXU Science Communication

La semaine dernière, le Dr Horacio Arruda a avancé l’hypothèse qu’une souche plus virulente et contagieuse de la COVID-19 est présente au Québec et expliquerait en partie pourquoi la province détient un si lourd bilan. Cette affirmation a surpris un chercheur en génétique de l’Université McGill, qui estime qu’elle est erronée.

Lors d’un point de presse le 25 septembre dernier, le directeur national de santé publique du Québec a fait allusion à des études qui montrent que la souche de COVID-19 qui est entrée au Québec vient de l’Europe et est plus virulente.

Cette souche pourrait être un facteur [pour expliquer le nombre élevé de cas et de morts au Québec], a-t-il dit. [...] Il y a déjà des hypothèses en lien avec le fait que certaines souches sont plus invasives, plus mortelles, qui se transmettent plus facilement que d’autres. La souche asiatique est arrivée en Colombie-Britannique n’est pas la même qu’ici.

Jesse Shapiro, professeur agrégé au Centre de génomique de McGill et l'un des auteurs d'une étude génomique sur l'origine de la COVID-19 au Québec, tient à remettre les pendules à l’heure.

D’abord, il faut comprendre que la souche dont parle le Dr Arruda est une mutation du SRAS-CoV-2 nommée D614G.

Selon des chercheurs britanniques, cette variante se serait propagée dès janvier en Europe, puis a fait son entrée aux États-Unis et au Canada.

C'est la forme prédominante du virus partout dans le monde en ce moment, dit Jesse Shapiro. Oui la souche D614G mutation est très présente au Québec. Mais il n’y a pas de preuves pour affirmer que cette souche explique la sévérité de la pandémie et pourquoi il y a autant de cas et de décès au Québec.

Un peu plus infectieuse, mais pas plus virulente

Selon une étude des chercheurs du Genomics UK Consortium (Nouvelle fenêtre), la variante D614G qui continue de frapper des milliers de personnes à travers le monde infecterait plus facilement les cellules que la souche qui a d'abord été observée en Chine. En fait, elle serait jusqu’à 20 % plus contagieuse.

Il semble qu'il y ait un avantage de transmissibilité un peu plus élevé, précise M. Shapiro, tout en ajoutant que ce pourcentage est probablement moins élevé que ce qui est avancé dans l'étude. « Les chercheurs ont précisé que leur étude a été faite in vitro – en laboratoire – et on sait que le virus agit différemment dans la vraie vie. »

Mais rien ne laisse croire que la souche D614G cause des symptômes plus sévères chez les personnes infectées avec cette souche. Donc, selon les recherches faites à ce jour, la variante en Chine n'est pas moins virulente que celle qui infecte les Québécois et les Canadiens.

Nous n’avons pas de preuves que les gens meurent plus à cause de cette souche.

Jesse Shapiro, Centre de génomique de McGill

Jesse Shapiro croit que les facteurs humains, plutôt que les mutations, expliquent davantage pourquoi certaines régions ont plus de cas et de décès. Les effets des mutations génétiques sont subtils. Je crois que ce qui influence beaucoup plus le nombre de cas et de morts et qui nous permet d’aplanir la courbe, ce sont les mesures comme le confinement et les politiques de santé publique.

Pourquoi étudier les mutations?

Selon Jesse Shapiro, les chercheurs se concentrent sur la souche D614G du SRAS-CoV-2 puisqu'elle est présentement prédominante. D’autres souches existent et d'autres peuvent apparaître. C’est normal pour un virus de muter. La plupart de ces mutations n’aboutissent à rien, tout en rappelant qu'il n'est pas inhabituel de voir de nombreuses mutations émerger.

Pour l’instant, très peu de mutations ont été observées chez le SRAS-CoV-2. En fait, selon Nexstrain (Nouvelle fenêtre), un projet de données ouvertes qui vise à suivre les grandes épidémies à travers le monde, les mutations de ce virus sont relativement lentes. SRAS-CoV-2 connaît en moyenne deux mutations par mois.

Le virus n’existe pas depuis longtemps et n’a pas eu beaucoup d’occasions de s’adapter, dit M. Shapiro. Il n’y a aucun avantage pour le virus de muter parce que tout va bien; il réussit à se propager facilement. M. Shapiro précise qu’au fur et à mesure que les gens deviennent immunisés (grâce à un vaccin ou après avoir été infectés), les chercheurs devraient détecter plus de mutations. Le virus évoluera pour tenter de survivre, dit-il.

Le rythme lent de mutation du coronavirus est une bonne nouvelle pour l'élaboration d'un vaccin. Des mutations trop rapides pourraient faire en sorte qu'un vaccin ne soit plus efficace très rapidement.

Et comme le vaccin de l'influenza doit être régulièrement modifié parce que de nouvelles souches émergent, le monde devra probablement continuer de danser cette « valse génétique » avec les mutations du SRAS-CoV-2, dit M. Shapiro.

Étudier les variations dans les séquences génétiques du virus peut aider les chercheurs à mieux comprendre non seulement son origine, mais également sa propagation.

Les mutations sont utiles d’un point de vue épidémiologique parce qu’elles sont comme des codes barres qui nous permettent de distinguer une souche d’une autre.

Jesse Shapiro, Centre de génomique de McGill

Grâce au génome viral, on peut déterminer si toutes les personnes identifiées dans une éclosion ont toutes été infectées à cet endroit, ou si elles étaient déjà contagieuses.

Est-ce qu’on a été malchanceux et que toutes ces personnes infectées ailleurs se sont retrouvées au même endroit? Ou est-ce que toutes ces personnes ont été infectées par une personne à cet endroit?

M. Shapiro espère que ce type d'enquête génétique pourra guider les autorités en santé publique et aidera les personnes qui retracent les contacts d'une personne infectée.

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