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Les mutations du coronavirus soulèvent des doutes sur la fiabilité des tests

Rangée de tubes avec des cotons-tiges à l'intérieur.

Des échantillons de tests de dépistage de la COVID-19.

Photo : La Presse canadienne / Darryl Dyck

La rapidité à laquelle le nouveau coronavirus subit des mutations génétiques pourrait causer l’obtention de faux tests de dépistage négatifs, selon des chercheurs de l’Université du Manitoba, basée à Winnipeg.

Les chercheurs ont compilé des données provenant de patients partout dans le monde afin de détecter des variantes génétiques du SRAS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19. Ils ont trouvé 146 variantes du virus, aussi appelées empreintes génétiques.

Ces résultats sont importants puisque les tests de dépistage utilisent de petits brins d’ADN qui se lient à la séquence virale et qui amplifient ainsi le signal de la présence du virus chez le patient.

Ces amorces doivent correspondre exactement à la séquence virale afin de produire un résultat positif fiable, affirme le Dr Carols Farkas, le chercheur postdoctoral à l'Université du Manitoba qui a dirigé l'étude.

Si les chercheurs conçoivent ces amorces de manière à ce qu’elles se lient à des parties du virus qui ont changé dans une population donnée, il se pourrait que l’amplification soit mauvaise, et les résultats pourraient être de faux négatifs, poursuit-il.

Besoin de nouvelles amorces

À titre d’exemple, les chercheurs ont découvert que dans l’État de Washington, l’un des premiers où le virus a été décelé aux États-Unis, le virus avait une empreinte génétique distincte de celles d’échantillons provenant d’Europe ou d’Asie.

Puisque le SRAS-CoV-2 change rapidement, les chercheurs devraient être conscients de l’empreinte virale locale actuelle du virus afin de créer des amorces d’ADN qui ne se lient pas aux parties du virus qui ont changé, soutient le Dr Jody Haigh, coauteur de l'étude.

L’étude évaluée par des pairs a été effectuée en collaboration avec un laboratoire de virologie au Chili et publiée dans le journal PeerJ — the Journal of Life and Environmental Sciences.

L’équipe qui a réalisé l’étude a récemment reçu du financement pour développer des outils en ligne servant à suivre les variations génétiques du virus et pour développer de nouvelles amorces qui évitent des sections de la séquence génétique susceptibles au changement.

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