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La pandémie pose d'importants défis à la recherche biomédicale québécoise

Seules les études jugées essentielles et celles sur la COVID-19 sont encore menées dans les institutions du Québec.

Une chercheuse travaille dans un laboratoire.

Une chercheuse travaille dans un laboratoire.

Photo : Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

En temps normal, des centaines d'équipes de recherche travaillent dans les universités québécoises, que ce soit dans leurs instituts, leurs centres de recherche, leur réseau, ou encore dans les hôpitaux auxquels elles sont associées.

Mais à cause de la pandémie, la vaste majorité de leurs travaux sont désormais suspendus, et le retour à la normale n’est pas pour demain.

En plus, la situation met en péril une partie de leur financement, particulièrement celui qui provient du privé.

Il y a beaucoup d’anxiété au sujet de la pandémie. […] C’est une réalité nouvelle qu’on n’a jamais vécue, explique Rémi Quirion, le scientifique en chef du Québec qui dirige trois fonds de recherche publique, en collaboration avec leurs directeurs scientifiques.

Rémi Quirion.

Rémi Quirion est devenu le premier scientifique en chef du Québec en 2011.

Photo : Institut Douglas

On a été préoccupés très tôt par la situation. […] Les équipes de recherche prennent des années à mettre sur pied, et c’est très facile de les détruire rapidement.

Rémi Quirion

Il faut savoir que la recherche au Québec compte sur plusieurs sources de financement.

Deux des principales sources publiques de financement sont les 13 Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) et les trois Fonds de recherche du Québec (Nature et technologies, Santé, Société et culture).

À celles-là s'ajoutent les fondations des institutions, les grands organismes philanthropiques (comme la Société canadienne du cancer) et les compagnies pharmaceutiques qui collaborent aux essais cliniques.

La science sur pause

À eux seuls, les Fonds de recherche du Québec financent environ 8000 chercheurs, 15 000 étudiants au doctorat et 27 000 à la maîtrise, dont la plupart des travaux sont actuellement en arrêt.

Il y a presque autant de monde qui travaille dans le milieu de la recherche académique au Québec que dans le domaine aérospatial.

Rémi Quirion

Le scientifique en chef le répète régulièrement : la performance du Québec à l’échelle mondiale est digne de mention.

On représente 0,1 % de la population mondiale, et les chercheurs québécois publient chaque année environ 1 % des articles scientifiques, soutient-il.

Travail de recherche dans un laboratoire de l'IRIC.

Travail de recherche dans un laboratoire de l’Institut de recherche en immunologie et en cancérologie (IRIC)

Photo : IRIC

Deux exemples

Le Dr Jacques Michaud est le directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine, l’un des pôles importants de la recherche au pays. Plus de 1100 personnes y travaillent.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Photo :  Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Il y a environ 200 chercheurs, 450 étudiants et un peu moins de 400 membres du personnel de recherche. À cela s’ajoutent 45 personnes à la direction de la recherche qui soutiennent les équipes de chercheurs.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

La plupart des chercheurs travaillent avec des équipes qui peuvent dépasser 20 personnes.

En temps normal, pas moins de 1000 projets de recherche clinique sont actifs au centre, et quelques essais cliniques s’y déroulent également. Plus maintenant.

On a suspendu les activités de recherche dites non essentielles, explique le Dr Michaud pour illustrer la nouvelle donne. On maintient les essais cliniques dans lesquels il y a une intervention, que ce soit l’administration d’un médicament ou l’évaluation d’un dispositif médical.

Par exemple, des projets pour développer de nouvelles thérapies contre le cancer sont arrêtés. Les travaux consacrés aux maladies rares chez l'enfant sont aussi sur pause.

Deux chercheurs travaillent dans un laboratoire.

Pas moins de 1000 projets de recherche clinique sont actifs au Centre de recherche de Sainte-Justine.

Photo : Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Certaines études qui pourraient avoir un impact sur la santé des enfants sont maintenues, comme celles qui nécessitent l’administration d’un agent chimiothérapeutique, affirme par ailleurs M. Michaud.

Autre défi : le maintien des infrastructures de base doit aussi être assuré.

Il faut maintenir les niveaux d’azote dans les réservoirs où se trouvent les cellules. On doit aussi s’occuper des colonies de souris.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

De plus, certains projets de recherche à long terme, dont l’arrêt aurait entraîné des pertes majeures en termes de données ou de ressources, sont maintenus au minimum. Par exemple, ceux qui nécessitent des développements de modèles cellulaires qui viennent d’un patient.

Il y avait des projets commencés en janvier dont l’arrêt brutal représentait des pertes majeures. On avait un comité pour évaluer la situation.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Le Dr Michel Bouvier est directeur de l’Institut de recherche en immunologie et en cancérologie (IRIC) associé à l’Université de Montréal.

Il s'agit de l'un des rares endroits pluridisciplinaires au monde qui réalisent de la recherche fondamentale, et dont l’infrastructure et l’expertise permettent de traduire les découvertes en solutions thérapeutiques.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC, et des chercheurs.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC (au centre avec des lunettes), et des chercheurs.

Photo : IRIC

L’institut emploie 500 personnes, réparties en 24 équipes dirigées par des chercheurs indépendants.

On a une unité de découverte du médicament qui emploie 35 chimistes médicinaux et une quinzaine de biologistes dont les travaux sont consacrés à faire progresser les projets vers des solutions thérapeutiques.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

On valorise les découvertes, et on les amène jusqu’à la création de compagnies dérivées ou à des ententes de licences avec les compagnies pharmaceutiques. On arrive avec des molécules qui sont des candidates pour des médicaments, affirme le Dr Bouvier.

Comme au Centre de recherche du CHU Sainte-Justine, l’Institut de recherche en immunologie et en cancérologie tourne au ralenti.

Quand on a diminué nos activités en présentiel (qui nécessite la présence du personnel en laboratoire), on l’a fait de façon ordonnée. Il y avait des projets initiés depuis plusieurs semaines, par exemple qui prenaient des ressources biologiques importantes, soit des cellules rares ou des animaux traités, on a permis aux gens de terminer leurs travaux pour s’assurer de ne pas les compromettre.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC
Une chercheuse travaille dans un laboratoire.

Une chercheuse travaille dans un laboratoire du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine..

Photo : Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

La recherche en confinement

Au centre de recherche du CHU Sainte-Justine, l’arrêt obligatoire décrété par le gouvernement ne met pas en péril à court terme la survie des études en cours.

Pour l’instant, il n’y a pas de travaux de compromis. Un mois de suspension, c’est viable. Si la crise continue cependant, la pression sera de plus en plus grande sur nos équipes.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Certaines équipes peuvent travailler à distance en télétravail. La situation est plus facile à gérer pour les bio-informaticiens et les statisticiens, mais beaucoup moins pour les chercheurs qui travaillent à des recherches cliniques qui nécessitent de recruter des patients et de réaliser des entrevues.

Elle est tout aussi complexe pour ceux dont les travaux sont réalisés dans des laboratoires humides et qui impliquent, par exemple, la culture et la manipulation de cellules dans un environnement contrôlé.

De plus, les équipes peuvent accéder au réseau de l’hôpital Sainte-Justine et peuvent exploiter certaines ressources à distance.

Son collègue Michel Bouvier de l’IRIC abonde dans le même sens.

Les étudiants, les postdocs et les agents postdoctoraux peuvent travailler de la maison. Ils mettent à jour les protocoles expérimentaux, travaillent sur les banques de données, font la revue de la littérature et rédigent leurs articles. On essaie de faire les choses qu’on n’a pas le temps de faire habituellement.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Certains employés doivent cependant se rendre dans les locaux, comme ceux qui doivent prendre soin des rongeurs et les nourrir.

On a deux équipes différentes qui s’occupent des souris. Et les deux équipes de trois personnes ne se croisent pas, pour réduire les risques possibles de contamination. La règle devrait continuer au retour, explique Michel Bouvier.

Une équipe de l'IRIC au travail.

Des chercheurs de l'IRIC au travail.

Photo : IRIC

Des sources de financement qui fondent

On estime que 250 des 400 employés de recherche ne peuvent pas travailler actuellement, estime Jacques Michaud, du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine. Une perte de productivité qu’il évalue à 850 000 $ par mois.

Ce montant n’inclut pas certaines pertes de revenus provenant de l’industrie associées à la suspension de certains essais cliniques.

On a déjà procédé à une dizaine de mises à pied temporaires. Surtout du côté de la recherche clinique. La plupart de ces projets-là sont subventionnés par l’industrie, et il est impossible d’avoir des gens à la maison qui ne travaillent pas avec ce type de contrats.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

De leur côté, les organismes subventionnaires gouvernementaux, dont le financement n’est pas lié à des aspects contractuels, incitent les différents centres de recherche à conserver leurs employés.

On les encourage à garder leur personnel, même s’ils sont à la maison, et à continuer à les payer.

Rémi Quirion, scientifique en chef du Québec

À l’heure actuelle, il n’est donc pas question de procéder à des mises à pied massives, autant au centre de recherche qu’à l’institut. Mais les pressions budgétaires s’accumulent.

L’IRIC compte sur 11 plateformes technologiques pour soutenir le travail de ses chercheurs. Par exemple, la plateforme de bio-informatique propose des services de développement algorithmique et d’analyses personnalisées de méga données, la gestion des bases de données et le développement de logiciels.

Ces plateformes sont également utilisées par d’autres chercheurs de l’Université de Montréal, mais aussi par des scientifiques d’autres organisations de Montréal, du Québec et de l’ensemble du Canada. Elles génèrent donc des revenus pour l'IRIC.

Il y a 300 groupes de recherche qui sont normalement des clients de nos plateformes, en plus des 24 groupes de l’institut.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

À l’heure actuelle, la plupart de ces plateformes sont indisponibles. Certaines autres fonctionnent avec un volume réduit, à l’exception de celles qui soutiennent des projets de recherche sur la COVID-19.

Notre arrêt n’a pas seulement un impact sur nous, mais sur d’autres centres de recherche, voire des petites entreprises de biotechnologie qui n’y ont plus accès pour l’instant.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Cette réalité entraîne des enjeux importants sur le plan du financement pour l’institut.

Nos plateformes génèrent habituellement des revenus. Les chercheurs qui ont normalement accès à nos plateformes payent le service à même leur fonds de recherche. Ces entrées d’argent là ont disparu, s’inquiète Michel Bouvier, qui voit les sources de financement de l’institut fondre comme la neige au printemps.

Et c’est sans compter les grands organismes philanthropiques qui voient leurs campagnes de financement grandement affectées par la situation.

Plusieurs d’entre elles ont été dans l’obligation d’annuler leurs activités de financement, comme par exemple le bal des jonquilles, qui devait se dérouler le 23 avril.

Les bénévoles ont été remerciés, et une partie du personnel mis à pied temporairement. Ils ont déjà averti qu’ils allaient couper les subventions de recherche.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Le travail de collecte de fonds de ces organisations représente en temps normal environ 15 % des budgets de recherche des grandes institutions.

M. Bouvier affirme qu’une campagne de financement d’urgence sera mise sur pied dans les prochains mois afin d’aider l’IRIC.

Des fonds publics reconduits

Les Fonds de recherche du Québec ont renouvelé automatiquement le financement des projets en cours pour une année.

Dans le cas des étudiants qui ont des bourses des Fonds de recherche du Québec, on est en discussion avec notre ministère et le ministère de l’Éducation supérieure pour voir si on peut ajouter une session de financement à leur bourse.

Rémi Quirion, scientifique en chef du Québec

Pour ce qui est des IRSC, ils ont reconduit les subventions actives en les prolongeant d’un an. Toutefois, les chercheurs qui présentaient de nouvelles demandes devront attendre, puisque les concours du printemps ont été annulés. Ils devront présenter leurs demandes de financement en septembre.

Les nouveaux chercheurs ou ceux qui font une nouvelle demande qui n’était pas en renouvellement ne peuvent pas avoir des sous. C’est un problème réel pour les jeunes chercheurs qui commencent leur carrière.  Ne pas avoir d’argent pendant 6 mois ou plus, ce n’est pas un bon départ.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Beaucoup de nos chercheurs dépendent de ce fonds-là, s’inquiète Jacques Michaud.

En annulant le concours, ça fait encore moins d’argent dans le système. Il y a des équipes qui comptaient sur cet argent-là et se trouvent fragilisées.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

M. Michaud explique que le centre de recherche tente de trouver des solutions pour obtenir des fonds, avec sa fondation, pour aider les chercheurs et les étudiants à court terme.

Notre crainte est que certaines équipes ne passent pas à travers. On a déjà identifié des équipes à risque.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Si les deux directeurs de ces organisations de recherche s’inquiètent de la situation actuelle, ils conviennent qu’il existe une bonne communication avec les principaux organismes subventionnaires.

Il y a beaucoup de discussions. On est rassurés par nos interlocuteurs. Le discours est assez rassurant, mais pour l’instant cela ne demeure que des mots. Mais vaut mieux que les mots soient des bons mots, c’est déjà un bon départ. Mais il y a des inquiétudes. Tout le monde est dans une situation difficile et vont avoir des demandes importantes.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Il y a des mesures qui sont en train d’être mises en place pour aider la communauté pendant cette période, mais pour le moment elles restent fragmentaires, estime pour sa part Jacques Michaud.

Le gouvernement fédéral a aussi annoncé une aide de plus de 291 millions de dollars aux étudiants et aux boursiers postdoctoraux. Une somme qui s’ajoute à celles consacrées à la stratégie nationale de recherche médicale pour lutter contre la COVID-19.

M. Michaud salue cette initiative. Il estime toutefois que les chercheurs et le personnel de recherche bénéficieraient aussi d'un programme d’aide fédéral du même type que celui créé pour les entreprises, dans le cadre duquel ces dernières payent 25 % des salaires des employés, le reste étant assuré par l'État.

Le scientifique en chef du Québec, Rémi Quirion, affirme surveiller la situation de près et être en contact avec les différents ministères fédéraux associés à la recherche. Des annonces pourraient être faites dans les prochaines semaines.

Il y a beaucoup de défis, mais en même temps, tout le monde collabore pour trouver des solutions.

Rémi Quirion

Un effort de guerre nommé COVID-19

Malgré le contexte incertain, et les nombreux défis que pose la crise, les équipes de chercheurs participent à l'effort actuel contre la pandémie.

M. Quirion souligne d'ailleurs la rapidité avec laquelle le milieu s’est adapté pour travailler sur la COVID-19.

Les deux institutions québécoises que sont le Centre de recherche du CHU Sainte-Justine et l’IRIC participent à l’effort collectif.

L’un des avantages de l’IRIC, c’est la pluridisciplinarité. On est assez agile, ce qui nous a permis de nous retourner et de démarrer des projets COVID-19, affirme M. Bouvier.

Actuellement, il y a trois de ces projets à l’institut qui impliquent deux de nos laboratoires, mais avec des effectifs très réduits. Il faut respecter les espacements sociaux et s’assurer de la sécurité du personnel.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Ces travaux sont beaucoup basés sur la bio-informatique et l’intelligence artificielle, en collaboration avec le MILA (l’Institut québécois d’intelligence artificielle dirigé par Yoshua Bengio) et IVADO (Institut de valorisation des données), soutient M. Bouvier.

Il y a une partie des travaux qui peut se faire à partir de la maison en raison de la composante informatique. Ça nous permet de ne pas augmenter le nombre de personnes à l’institut.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

M. Bouvier note que l’IRIC a soumis trois autres projets qui sont en attente d’une réponse.

Le Centre de recherche du CHU Sainte-Justine met aussi l’épaule à la roue dans la recherche sur la COVID-19.

Le Dr Philippe Bégin participe à la vaste étude portant sur l'utilisation du plasma convalescent dans la lutte contre la maladie, réalisée au Canada, et à laquelle participent également une quinzaine d’institutions québécoises, dont le CHUM et l'Hôpital général juif affilié à l’Université McGill.

De plus, la plupart de ses infirmières de recherche ont été mobilisées pour donner des soins à l’hôpital, et du personnel de certains de ses laboratoires aide également au dépistage du virus.

Prévoir le retour

À l’IRIC, comme au Centre de recherche du CHU Sainte-Justine, un plan de redémarrage des activités est actuellement en préparation.

Par exemple, il y a normalement quatre personnes en gestion des technologies de l’information, mais elles peuvent faire beaucoup de leur travail de la maison. Au retour, il pourrait y en avoir une en présentiel, et elles se relayeront. Les autres travailleront peut-être de la maison.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

Les besoins de chacune des équipes seront évalués. Certaines plateformes, les plus importantes, redémarreront, mais avec des employés réduits et des horaires différents. Ça va se faire en discussion avec les employés. Rien ne sera imposé, insiste M. Bouvier.

En outre, l’IRIC pense à installer des protecteurs de plexiglas dans certains espaces de travail. Il pourrait également établir un plan de la circulation pour que les gens ne se croisent inutilement.

Le Centre de recherche du CHU Sainte-Justine a également mis sur pied un groupe de travail.

Il y aura une phase de transition. On va tester un retour progressif dans certains secteurs pour voir s’il y a une flambée.

Jacques Michaud, directeur du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

On pense aussi aux leçons qu’on doit tirer de la crise, soutient M. Michaud.

Un des enjeux est de mieux structurer nos infrastructures. Peut-être développer des infrastructures [...] qui respectent les standards de la biosécurité pour qu’on puisse vraiment supporter des recherches centrées sur des pandémies futures.

Jacques Michaud

Il faut mieux s’organiser pour qu’on puisse être prêts et ne pas être dans l’improvisation, conclut M. Michaud.

Pour sa part, M. Bouvier pense que la crise met en relief l’importance d’avoir de la recherche de haut niveau localement.

Ça se manifeste en particulier en infectiologie et en virologie, mais je pense que c’est vrai à tous les niveaux.

Michel Bouvier, directeur de l’IRIC

C'est essentiel d'être localement innovants, d’être autosuffisants pour démarrer nos propres études cliniques. D’être capables de synthétiser nos propres médicaments comme on le fait, conclut pour sa part M. Bouvier.

Le saviez-vous?

Le Québec est l'un des rares endroits où l’on peut réaliser toutes les étapes de développement d'un médicament, qu'il s'agisse de la recherche fondamentale ou clinique, de la fabrication ou de la mise en marché. À l’heure actuelle, une douzaine de multinationales pharmaceutiques ont établi leur siège social canadien à Montréal. Et des dizaines d’entreprises de biotechnologie y sont présentes.

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