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Le Canada surveille-t-il bien la résistance aux antibiotiques?

On voit en plongée un couloir d'hôpital. En gros plan, à droite de l'image, on voit un grand écriteau en rouge où il est écrit « zone d'isolement » avec le symbole d'interdiction de passer.
Une section de l'Hôpital général juif de Montréal est transformée en zone d'isolement pour les patients porteurs d'une bactérie résistante aux antibiotiques. Photo: Radio-Canada / Martin Thibault
Radio-Canada

Les autorités de la santé publique au Canada disent prendre au sérieux le problème grandissant de la résistance des microbes aux antibiotiques. Mais pour bien s'y attaquer, il faut des données exhaustives sur les infections ainsi que sur l'utilisation d'antibiotiques d'un océan à l'autre, un système de surveillance qui reste lacunaire au pays, selon des experts.

Un texte de Mathieu Gobeil

Dans nos hôpitaux, comme ailleurs dans le monde, on rapporte de plus en plus de cas de bactéries résistantes à nos remèdes de derniers recours. D’ailleurs, en 2017, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) tirait la sonnette d’alarme en dressant une liste de 12 bactéries préoccupantes. L’OMS prévoit que si rien n’est fait, les infections redeviendraient d’ici 2050 la première cause de mortalité dans le monde, devant le cancer.

Encouragés par l’OMS, certains pays se sont organisés pour effectuer une surveillance systématique, avec de nombreux intervenants à plusieurs niveaux : gouvernements, autorités sanitaires, professionnels de la santé et population.

Au Canada, certaines provinces ont été des pionnières en matière de surveillance de la résistance aux antibiotiques. Par exemple, au Québec, les premiers programmes de surveillance remontent aux années 1980 pour ce qui est des souches résistantes de gonorrhée et de tuberculose. L'Ontario surveille quant à elle l'évolution de la résistance des principaux pathogènes en milieu hospitalier depuis le milieu des années 1990. Les plus petites provinces se sont dotées de programmes de surveillance plus récemment.

Actuellement, au niveau national, 65 hôpitaux de recherche fournissent des données au Système canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (Nouvelle fenêtre) (SCSRA), de responsabilité fédérale, mis sur pied en mars 2015.

Ces établissements sont de gros hôpitaux universitaires, répartis dans toutes les provinces. « Ils couvrent environ 90 % de tous les hôpitaux de recherche au Canada », précise Denise Gravel, épidémiologiste à l’Agence de la santé publique du Canada.

Des données sur les infections causées par une dizaine de bactéries jugées prioritaires par les autorités canadiennes sont colligées. Certaines sont présentes dans la nourriture, comme la salmonelle. D’autres encore se trouvent naturellement dans nos intestins, comme E. coli, mais peuvent causer des infections graves. En temps normal, on arrive à les traiter. Mais lorsque certains de ces microbes sont résistants à plusieurs antibiotiques, il devient plus cher et plus complexe de les vaincre; des patients peuvent en mourir.

On voit en gros plan à gauche des piles de boîtes de Petri de couleur blanche et rouge. À droite, on voit une femme, de dos, vêtue d'un sarrau, qui regarde un écran d'ordinateur.Des cultures bactériennes sont analysées en laboratoire. Photo : Radio-Canada / Martin Thibault

« [Ces 65 établissements] sont les hôpitaux où l’on retrouve les patients les plus malades, alors on s’attend à ce que les infections résistantes soient plus apparentes dans ces milieux. Aussi, nous savons que s’il y a des cas dans de plus petits hôpitaux communautaires ou ruraux, ces patients-là sont, pour la plupart, référés aux gros hôpitaux », explique Mme Gravel.

Ces centres sont aussi munis de laboratoires qui ont la capacité de recueillir et d’analyser les échantillons, ce qui n’est pas le cas dans les plus petits établissements.

Pour certaines infections, les données canadiennes au fil des ans montrent une stabilité ou une diminution du nombre d’infections résistantes. Pour d’autres, on voit une augmentation récente, comme dans le cas de la gonorrhée.

Seulement entre 2014 et 2015, la proportion d’isolats (échantillons) de gonorrhée résistants à au moins un antimicrobien testé a augmenté, passant de 52 % à 60 %. La stratégie thérapeutique utilisée désormais est de combiner deux antibiotiques pour vaincre l’infection. On arrive encore à traiter la gonorrhée au Canada – aucun cas de résistance totale n’a été rapporté au pays – mais au Royaume-Uni, un échec de traitement a été rapporté. C’est pourquoi les autorités canadiennes de la santé surveillent la situation de près.

D’autres bactéries encore plus préoccupantes sont les entérobactéries (bactéries du tube digestif) productrices de carbapénémases (EPC), des enzymes qui peuvent vaincre les antibiotiques de tout dernier recours, les carbapénèmes. Les données pancanadiennes montrent que la situation est plutôt stable depuis quelques années.

Le taux de mortalité associé à ces infections varie de 26 % à 50 %, selon la littérature scientifique.

Si une éclosion de cas d’EPC est constatée, des mesures de confinement sont rapidement mises en place dans l’hôpital en question et les autorités sanitaires sont averties.

Mais pour des experts comme Andrew Morris, infectiologue à l’hôpital Mount Sinai, à Toronto, le système canadien de surveillance est très parcellaire. Il y manque des informations cruciales afin d’avoir un portrait réel de la situation.

Le rapport produit par le SCSRA n’inclut pas les centaines d’hôpitaux locaux, les centres de soins de longue durée et les cliniques, ce qui occulte des réalités importantes, d'après lui. Par exemple, dans la municipalité de Peel, près de Toronto, on constate une augmentation bien documentée des infections résistantes aux carbapénèmes, dit-il, ce qui n’est pas reflété dans le rapport du SCSRA.

Selon lui, le rapport fédéral est une « photographie » annuelle incomplète, très focalisée. « Les 65 hôpitaux qui prennent part au SCSRA le font sur une base volontaire. Ils ne sont pas représentatifs de tous les hôpitaux. Il fournissent essentiellement des données provenant de patients que l’on a isolés des autres en raison d’une infection à une bactérie résistante », dit-il.

« Si un problème émerge tout à coup, on ne le voit pas » déplore Andrew Morris. D’après lui, il faut des données nationales qui ratissent beaucoup plus large et qui soient disponibles en temps réel.

Denise Gravel, de l’Agence de la santé publique du Canada, reconnaît que l’obtention de données pour l’ensemble des établissements de santé constitue le plus gros défi.

« Pour qu’un hôpital puisse identifier des patients avec des infections résistantes, ils doivent avoir une capacité au niveau du laboratoire. […] La plupart des petits hôpitaux n’ont pas nécessairement un laboratoire en place. Certains l’ont, mais la plupart doivent envoyer les cultures à l’extérieur pour identification. Ça, c’est la plus grosse lacune. Ils doivent avoir aussi la capacité au niveau des ressources humaines. Il faut avoir du personnel habilité à identifier ce genre d’infection », explique-t-elle.

« Il nous faut des données, et les données, ça coûte de l’argent », soutient pour sa part Andrew Morris. Le public doit être au courant et se mobiliser pour que les gouvernements investissent dans la surveillance des infections, poursuit-il.

On voit en gros plan une boîte de pétri contenant un milieu de culture de couleur rouge, sur lequel poussent des bactéries. Des petits disques blancs sont répartis dans la boîte. Un homme mesure la taille des cercles à l'aide d'une règle. En arrière-plan, on voit un écran d'ordinateur.On mesure ici la résistance de cultures bactériennes à différents antibiotiques. Autour de chaque pastille blanche, plus le cercle dépourvu de bactéries est grand, plus l'antibiotique est efficace. Photo : Radio-Canada / Martin Thibault

Pour certaines infections, toutefois, des données détaillées sont disponibles à l’échelon provincial.

Par exemple, le Québec possède des programmes de surveillance très détaillés, à l’instar de l’Ontario et de la Colombie-Britannique. La province consigne des données sur les infections à EPC depuis 2010. Sur le site de l’Institut national de santé publique (INSPQ), les cas sont indiqués (Nouvelle fenêtre) pour l’ensemble des hôpitaux; on y voit aussi des informations sur le type d’infection (pulmonaire, urinaire, peau, etc.) et le nombre de décès, entre autres.

Pour d’autres infections préoccupantes (infections à entérocoques résistants à la vancomycine (Nouvelle fenêtre) et infections à staphylocoque doré résistant à la méthicilline (Nouvelle fenêtre)), on a également accès à des données précises. Comme les autres provinces, le Québec surveille aussi les infections à C. difficile (Nouvelle fenêtre), une bactérie qui n'est pas résistante aux antibiotiques, mais qui se développe dans une flore intestinale affaiblie par les traitements aux antibiotiques en milieu hospitalier.

Le hic, c'est que les données de surveillance sont très variables entre les provinces. Chacune possède ses objectifs, ses protocoles, ses définitions et sa façon de rapporter les résultats; les chiffres sont difficilement comparables à l’échelle du pays.

« Nous sommes une fédération, mais la santé est de responsabilité provinciale. C’est donc difficile de bâtir un système de surveillance national dans ce contexte », constate la Dre Allison McGeer, directrice du contrôle des infections à l’hôpital Mount Sinai, à Toronto. Elle souligne que la structure en place pour effectuer la surveillance non seulement varie entre les provinces, mais peut même changer d’un établissement à l’autre.

« C’est ardu, nous n’avons pas de bonnes méthodes pour faire en sorte que les données puissent être utilisées de façon efficace par ceux qui doivent comprendre et faire de la résistance une priorité. »

Consommation d’antibiotiques

Le SCSRA rapporte aussi la quantité d’antimicrobiens utilisés à l’échelle nationale, tant chez les humains que chez les animaux (ces derniers consomment 80 % des antibiotiques utilisés au pays).

En 2016, quelque 206 000 kg d’ingrédients antimicrobiens ont été délivrés dans les pharmacies et près de 41 000 kg ont été achetés par les hôpitaux, pour leurs patients. La très grande majorité des doses sont ainsi délivrées en pharmacie.

Selon les données compilées, le Canada est dans la moyenne des pays de l’OCDE pour ce qui est de la consommation d’antibiotiques. En utilisant les quantités citées plus haut, on estime la consommation à 21 doses quotidiennes d’antibiotiques pour 1000 habitants en 2015. La France arrive au sommet, avec 30 doses. Les Néerlandais sont ceux qui consomment le moins : 10 doses quotidiennes pour 1000 habitants.

Sources : Agence de la santé publique du Canada et Institut canadien d'information sur la santé

Mais selon Andrew Morris, les données canadiennes à cet égard sont incomplètes. Pour avoir un portrait juste, il ne faut pas se fier uniquement aux quantités vendues en pharmacies ou acquises par les hôpitaux, mais il faudrait des données sur les quantités utilisées en tant que telles par les Canadiens, ce que nous n’avons pas à l’heure actuelle.

Un chapitre intéressant du rapport du SCSRA porte sur les maladies pour lesquelles des antibiotiques sont recommandés par les professionnels de la santé canadiens lors de consultations.

Les experts s’entendent : bon nombre de ces maladies (otites, sinusites et bronchites, notamment) sont causées par des virus et non par des bactéries. Prendre des antibiotiques dans ces cas d’infections virales est donc inutile.

Les spécialistes s'entendent également sur le fait que la lutte contre la résistance aux antibiotiques passe nécessairement par une réduction de la consommation d’antibiotiques dans la population. Andrew Morris appelle d'ailleurs le Canada et l'ensemble des provinces à se doter de lignes directrices claires en matière de prescription d’antibiotiques par les professionnels de la santé.

Avec la collaboration de Binh An Vu Van

Science